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COHEN Serge

Analyse des données/Statistiques — Chargé de recherche — Responsable de l’axe de recherche XIAMA

IPANEMA USR3461 CNRS/MCC
chez Synchrotron SOLEIL
BP 48 St Aubin
F-91192 Gif Sur Yvette (France)

+ 33 1 69 35 90 28
serge « dot » cohen « at » synchrotron « hyphen » soleil « dot » fr

Thèmes de recherche

- modélisation stochastique d’image spectrale, approche par estimation de densité conditionnelle et critère de sélection de modèle pour l’optimisation discrète
- factorisation positive d’image spectrale, combinaison des approches factorisation de matrice et factorisation de tenseur ; prise en compte de la « nature image » des matrices d’activation
- reconstruction 3D, développement de nouvelles modalités de mesure et de reconstruction
- traitement d’image : algorithmes pour implémentations rapides sur architectures SIMD ou GP-GPU

Recherches actuelles

Mon activité, à l’interface des statistiques, du traitement du signal/image et de l’analyse par méthode synchrotron des matériaux anciens. L’analyse des données issues de l’observation de matériaux anciens est rendue complexe par le faible échantillonnage, conséquence de la rareté des objets et de leur fragilité, ainsi que par la complexité des mesures et par la faible connaissance a priori des processus ayant conduit aux matériaux tels qu’observés. Ces contraintes conduisent à des développements mathématiques spécifiques et motivent la recherche de garanties théoriques sur les résultats de la modélisation. La localisation à IPANEMA permet d’ancrer le développement méthodologique dans la problématique et l’expérience d’application pour assurer une bonne adéquation des approches développées.

Parcours de recherche

Après une formation initiale en mathématiques et physique, ma thèse en biologie structurale (EMBL, Grenoble) avec en particulier la mise en oeuvre des techniques synchrotron m’a permis d’aborder en post-doctorat les méthodes mathématiques pour la biologie structurale (NKI, Amsterdam). Jai alors développé des méthodes algorithmiques permettent d’accélérer dun facteur 100 à 1000 la construction du modèle moléculaire pour les protéines.
Depuis fin 2007 j’ai une activité de recherche dans le cadre du projet puis de l’unité IPANEMA, avec une première phase de prospectives qui m’a permis de condenser les caractéristiques déterminantes communes à l’ensemble des matériaux anciens du point de vue de leur étude physico-chimique et de l’analyse des données correspondante. La deuxième phase de mon activité au sein d’IPANEMA, commencée fin 2009, correspond aux premiers développement de méthodes mathématique pour l’analyse des image de spectro-microscopie de matériaux hétérogènes complexes.

Bibliographie

Publications indexées

- « Partition-based conditional density estimation » ; SX Cohen & E Le Pennec ; ESAIM : Probability and Statistics, 2012, accepted.

- « The medieval iron market in Ariège (France). Multidisciplinary analytical approach and multivariate analyses » ; S Leroy, SX Cohen, C Verna, B Gratuze, F Téreygeol, P Fluzin ; L Bertrand & P Dillmann ; Journal of Archaeological Science, \emphaccepted 27 novembre 2011.

- « Cultural heritage and archaeology materials studied by synchrotron spectroscopy and imaging » ; L Bertrand, L Robinet, M Thoury, K Janssens, SX Cohen & S Schöder ; Applied Physics A, \emphaccepted 8 novembre 2011.

- « Automatic rebuilding and optimization of crystallographic structures in the PDB » ; RP Joosten, K Joosten, SX Cohen, G Vriend & A Perrakis ; Bioinformatics 27(24) (2011) p. 3392—8.

- « Native mass spectrometry provides direct evidence for DNA mismatch-induced regulation of asymmetric nucleotide binding in mismatch repair protein MutS » ; SX Cohen , MC Monti, A Fish, HH Winterwerp, A Barendregt, P Friedhoff, A Perrakis, AJ Heck, TK Sixma, RH van den Heuvel & JH Lebbink ; Nucleic Acid Research 39(18) (2011) p. 8052—64.

- « European research platform IPANEMA at the SOLEIL synchrotron for ancient and historical materials » ; L Bertrand, M-A Languille, SX Cohen, L Robinet, C Gervais, S Leroy, D Bernard, E Le Pennec, W Josse, J Doucet & S Schöder ; Journal of Synchrotron Radiation 18(5) (2011) p. 765—72.

- « Identification of the finishing technique of an early eighteenth century musical instrument using FTIR spectromicroscopy » ; L Bertrand, L Robinet, SX Cohen, C Sandt, A-S Le Hô, B Soulier, A Lattuati-Derieux & J-P Echard ; Analytical and Bioanalytical Chemistry 399(9) (2011) p. 3025—32.

- « Insights into the DNA cleavage mechanism of human LINE-1 retrotransposon endonuclease » ; K Repanas, G Fuentes, SX Cohen, AMJJ Bonvin & A Perrakis ; Proteins-Structure Function and Bioinformatics 74(4) (2009) p. 917—28.

- « <> : restraining the free atoms in ARP/wARP » ; WTM Mooij, SX Cohen, K Joosten, GN Murshudov & A Perrakis ; Structure 17(2) (2009) p. 183—9.

- « Automated macromolecular model building for X-ray crystallography using ARP/wARP version 7 » ; SX Cohen, G Langer, VS Lamzin & A Perrakis ; Nature Protocols 3(7) (2008) p. 1171—9.

- « ARP/wARP and molecular replacement : the next generation » ; SX Cohen, M Ben Jelloul, F Long, A Vagin, P Knipscheer, J Lebbink, TK Sixma, VS Lamzin, GN Murshudov & A Perrakis ; Acta Cryst D. 64 (2008) p. 49—60.

- « A knowledge-driven approach for crystallographic protein model completion » ; K Joosten, SX Cohen, P Emsley, W Mooij, VS Lamzin & A Perrakis ; Acta Cryst D. 64 (2008) p. 416—24.

- « SPINE workshop on automated X-ray analysis : a progress report » ; M Bahar, C Ballard, SX Cohen, KD Cowtan, EJ Dodson, P Emsley, RM Esnouf, R Keegan, V Lamzin, G Langer, V Levdikov, F Long, C Meier, A Muller, GN Murshudov, A Perrakis, C Siebold, N Stein, MG Turkenburg, AA Vagin, M Winn, G Winter & KS Wilson ; Acta Cryst D. 62 (2006) p. 1170—83.

- « SPINE bioinformatics and data-management aspects of high-throughput structural biology » ; S Albeck, P Alzari, C Andreini, L Banci, IM Berry, I Bertini, C Cambillau, B Canard, L Carter, SX Cohen, JM Diprose, O Dym, RM Esnouf, C Felder, F Ferron, F Guillemot, R Hamer, M Ben Jelloul, RA Laskowski, T Laurent, S Longhi, R Lopez, C Luchinat, H Malet, T Mochel, RJ Morris, L Moulinier, T Oinn, A Pajon, Y Peleg, A Perrakis, O Poch, J Prilusky, A Rachedi, R Ripp, A Rosato, I Silman, DI Stuart, JL Sussman, JC Thierry, JD Thompson, JM Thornton, T Unger, B Vaughan, W Vranken, JD Watson, G Whamond & K Henrick ; Acta Cryst D. 62 (2006) p. 1184—95.

- « Co-expression of protein complexes in prokaryotic and eukaryotic hosts : experimental procedures, database tracking and case studies » ; C Romier, M Ben Jelloul, S Albeck, G Buchwald, D Busso, PH Celie, E Christodoulou, V De Marco, S van Gerwen, P Knipscheer, JH Lebbink, V Notenboom, A Poterszman, N Rochel, SX Cohen, T Unger, JL Sussman, D Moras, TK Sixma & A Perrakis ; Acta Cryst D. 62 (2006) p. 1232—42.

- « Towards complete, validated models in the next generation of ARP/wARP » ; SX Cohen, RJ Morris, FJ Fernandez, M Ben Jelloul, M Kakaris, V Parthasarathy, VS Lamzin & A Perrakis ; Acta Cryst D. 60 (2004) p. 2222—9.

- « Developments in the CCP4 molecular-graphics project » ; L Pottertin, S McNicholas, E Krissinel, J Gruber, K Cowtan, P Emsley, GN Murshudow, SX Cohen, A Perrakis & M Noble ; Acta Cryst D. 60 (2004) p. 2288—94.

- « Breaking good resolutions with ARP/wARP » ; RJ Morris, PW Zwart, SX Cohen, FJ Fernandez, M Kakaris, O Kirillova, C Vonrhein, A Perrakis & VS Lamzin ; Journal of Synchrotron Radiation (2004) p. 56—9.

- « Structure of the GCM domain—DNA complex : a DNA-binding domain with a novel fold and mode of target site recognition » ; SX Cohen, M Moulin, S Hashemolhosseini, K Kilian, M Wegner & CW Müller ; EMBO Journal 22 (2003) p. 1835—1845.

- « The GCM domain is a Zn-coordinating DNA-binding domain » ; SX Cohen, M Moulin, O Schilling, W Meyer-Klaucke, J Schreiber, M Wegner & CW Müller ; FEBS Letters 528 (2002) p. 95—100.



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